رئیس مؤسسه زیر نظر هیئت امنا و با حکم وزیر علوم ، تحقیقات و فناوری انجام وظیفه می نماید. تهیه برنامه میان مدت و درازمدت مؤسسه و به تصویب رساندن آن در هیئت امنا، پیشنهاد و تصویب بودجه سالانه در هیئت امنا ، ارائه گزارشهای عملکرد و اجرای مصوبات هیئت امنا از جمله وظایف رئیس مؤسسه است.

در حال حاضر ریاست مؤسسه را آقای دکتر سید حسین نوعی بعهده دارند. ایشان با درجه استادی عضو هیئت علمی دانشگاه فردوسی بوده و با تالیف و ترجمه نه عنوان کتاب و بیش از 80 مقاله در نشریات معتبر داخلی و بین المللی ، دارای سوابق متعدد علمی و مدیریتی می باشند. ایشان در حال حاضر ریاست دانشکده مهندسی دانشگاه فردوسی مشهد را نیز عهده دار هستند.
    

خلاصه سوابق اجرایی رییس مؤسسه:

1.    رئیس دانشکده مهندسی شهید نیکبخت دانشگاه سیستان و بلوچستان 1363 ـ 1361
2.    رئیس جهاد دانشگاهی دانشگاه سیستان و بلوچستان 1363 ـ 1361
3.    مدیر گروه مکانیک دانشکده مهندسی دانشگاه فردوسی مشهد 1371 ـ 1370
4.    مؤ سس و مدیر گروه مهندسی شیمی دانشکده مهندسی دانشگاه فردوسی مشهد 1372 ـ 1369
5.    معاون دفاعی دانشگاه فردوسی مشهد 1371 ـ 1369
6.    معاون پژوهشی دانشگاه فردوسی مشهد 1377 ـ 1371
7.    نماینده وزیر علوم تحقیقات و فناوری در تشکلهای اسلامی در دانشگاههای فردوسی مشهد و سیستان و بلوچستان1378-1373
8.    عضو کمیته تخصصی فنی و مهندسی هیات ممیزه دانشگاه فردوسی مشهد1387-1382
9.    رئیس دانشکده مهندسی دانشگاه فردوسی مشهد 1384- ادامه دارد
10.     عضو هیات اجرایی جذب اعضای هیات علمی دانشگاه فردوسی مشهد1387- ادامه دارد
11.    رئیس کمیته تخصصی فنی و مهندسی هیات ممیزه دانشگاه فردوسی مشهد1388 - ادامه دارد
12.    عضو هیات ممیزه دانشگاه فردوسی مشهد 1388- ادامه دارد
13.    عضو هیات امناء شمال شرق کشور 1389- ادامه دارد